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Diat.barcode, un repositorio abierto de código de barras genético para la identificación de Diatomeas

Se trata de un repositorio de secuencias genéticas de diatomeas que se inició en 2012 y en el que ha participado el IRTA junto con otras 5 Instituciones europeas.
España - 11/11/2019
Investigación
Diatomeas vistas al microscopio electrónico.


Las diatomeas son microalgas que se encuentran en todo tipo de aguas y son unos excelentes indicadores ecológicos del estado de los ecosistemas acuáticos (marinos y de agua dulce). Son bioindicadores que permiten detectar el tipo y el grado de contaminación del medio acuático debida a la actividad humana como es la eutrofización (contaminación por aporte masivo de nutrientes o materia orgánica), acidificación, salinización, etc.

Tradicionalmente las diatomeas se han identificado usando las características morfológicas de su pared celular de silicio, lo que implica el uso del microscopio, profesionales con conocimientos taxonómicos y tiempo, explica la investigadora del IRTA Rosa Trobajo.

El código de barras genético (DNA-barcode: región del ADN única para cada especie) es actualmente una alternativa para su identificación y el uso de las nuevas tecnologías de secuenciación masiva permite el análisis rápido de muchas muestras y a un coste mucho menor que los análisis al microscopio, comenta Rosa Trobajo. Sin embargo, para que esto sea posible es indispensable disponer de un repositorio de dichos códigos de barra genéticos los cuales deben estar correctamente asignados a las especies, añade la investigadora del IRTA.

Diat.barcode es un repositorio abierto (Open-access) de secuencias de diatomeas que se inició en 2012 y en el que ha participado el IRTA junto con otras 5 Instituciones europeas.



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