La estructura del Ministerio de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino introduce cambios radicales en el organigrama de la administración agraria. La Secretaría de Estado de Medio Rural y Agua estará integrada por una Dirección General del Agua y una Secretaría General de Medio Rural, que tendrá rango de subsecretaría y de la que dependerán cuatro direcciones generales: la Dirección General de Medio Natural y Política Forestal, la Dirección General de Recursos Agrícolas y Ganaderos, en lugar de las suprimidas Direcciones Generales de Agricultura y de Ganadería, la Dirección General del Desarrollo Sostenible del Medio Rural y la Dirección General de Industria y Mercados Alimentarios.
De la Secretaría de Estado de Cambio Climático dependerán la Oficina Española del Cambio Climático y la Dirección General de Calidad y Evaluación Ambiental. De la Subsecretaría de Medio Ambiente, Medio Rural y Marino siguen dependiendo la Secretaría General Técnica y la Dirección General de Servicios y de la Secretaría General del Mar, siguen dependiendo los órganos directivos de su ámbito.
El Boletín Oficial del Estado ha publicado los nombramientos de Manuel Rossi Prieto como Director del Gabinete de la Ministra de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino y de Santiago Menédez de Luarca como Subsecretario de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino.
